1、保税物流中心与境外之间的进出货物报关
(1)应向物流中心主管海关办理相关手续
(2)物流中心与境外之间进出的货物，不实行进出口配额、许可证件管理
(3)从境外进入物流中心内的货物，凡属于规定存放货物范围内的货物予以保税
(4)属于物流中心企业进口自用的办公用品、交通运输工具、生活消费品等以及保税物流中心开展综合物流服务所需进口的机器、装卸设备、管理设备等，按照进口货物的有关规定和税收政策办理相关手续。(不能免税)
2、物流中心与境内之间的进出货物报关
(1)出中心
①出中心进入关境内其他地区视同进口。按照货物进入境内的实际流向和实际状态填制进口货物报关单，办理进口报关手续。
②出中心运往境外填制出口货物报关单，办理出口报关手续。
(2)入中心
※货物从境内进入物流中心视同出口，办理出口报关手续。如需缴纳出口关税的，应当按照规定纳税；属许可证件管理的商品，还应当向海关出具有效的出口许可证件。
※从境内运入保税物流中心的原进口货物，境内发货人应当向海关办理出口报关手续，经主管海关验放；已经缴纳的关税和进口环节海关代征税，不予退还。
※从境内运入物流中心已办结报关手续的货物，或者从境内运入物流中心供中心内企业自用的国产设备以及转关出口货物，海关签发出口退税报关单证明联。
※从境内运入物流中心的下列货物，海关不签发出口退税报关单证明联：
①供中心企业自用的生活消费品、交通运输工具
②供中心企业自用的各种进口设备
③特殊监管区域之间往来的货物。